Archäologische Ausgrabungen auf dem Sirkeli Höyük fanden erstmalig 1936 in Form einer kurzen Untersuchung durch J. Garstang (s. Archäologische Funde, Säulenbasis) sowie zwischen 1992 und 1996 durch die Universität München und die Bayerische Akademie der Wissenschaften unter der Leitung von B. Hrouda und 1997 durch die Universität Innsbruck unter der Leitung von H. Ehringhaus statt. Während Garstang fünf kleinere Sondagen anlegte, wurde bei den neueren Grabungen eine größere Anzahl von unterschiedlich großen Grabungsstellen (Arealen) angelegt, die sich schwerpunktmäßig auf der Kuppe des Haupthügels sowie im Nordosten der Unterstadt unmittelbar oberhalb der Felswand mit den Reliefs am Abhang zum Fluss hin erstrecken (s. Monumente, Reliefs und Steingebäude).
2006 wurden die Ausgrabungen im Rahmen einer Kooperation der Eberhard Karls Universität Tübingen und der Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi mit einer kurzen Vorkampagne wieder aufgenommen. Dabei wurden auf dem Plateau auf der nördlichen Terrasse des Ruinenhügels weitere massive Steinmauern und ein steingepflasterter Fußboden angeschnitten.
Die auf dem Fußboden gefundenen Keramikscherben weisen darauf hin, dass es sich um ein weiteres monumentales Steingebäude der Späten Bronzezeit handeln dürfte. Die Untersuchung des Nordplateaus soll im Jahr 2007 in größerem Umfang fortgesetzt werden.